1. Pfam / HMMER Profile file format

The profile HMM calculated from multiple sequnce alignment data in this service is stored in Profile HMM save format (usually with ".hmm" extension). It is an ASCII file containing a lot of header and descriptive records followed by large numerical matrix which holds probabilistic model of the motif. The file of this format is useful to search against sequnce databases to find out other proteins which share the same motif.
This HMM file should not be edited manually (especially the matrix part) because it contains consistent numerical model as a whole.

On the other hand another data can be shown after searching Pfam database using a protein sequence as a query or by keyword search against Pfam in DBGET. This data format is called SELEX and is a kind of multiple sequence alignment format. It is also an ASCII file with defined header information (lines start with "#=") followed by aligned sequences with their accesion numbers.
This file can be edited manually to append and remove the sequences or to extract interesting part of multiple sequence alignment. Additionally this file can be converted to HMM matrix file using our service then be used to retrieve the sequence databases.

2. Sample of the Pfam/HMMER profile data formats

Profile HMM save file format

HMMER2.0
NAME  aligment15900
LENG  30
ALPH  Amino
RF    no
CS    no
MAP   yes
COM   /bio/package/motif2/tool/hmmer/hmmer-2.1.1-sgi-irix/binaries/hmmbuild /var/tmp/hmmbuild15900.out /var/tmp/aligment15900
COM   /bio/package/motif2/tool/hmmer/hmmer-2.1.1-sgi-irix/binaries/hmmcalibrate --cpu 16 --seed 0 /var/tmp/hmmbuild15900.out
NSEQ  7
DATE  Sat Sep 11 15:05:30 1999
CKSUM 5380
XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 
NULT      -4  -8455
NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
EVD   -18.948267   0.332753
HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
         -263      *  -2585
     1    771  -1882   -411   2059  -2183  -1618   -445  -1810   -132  -1938  -1108   1307  -1797    -45   -623   -660   -691    833  -2234  -1612     1
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378   -263      * 
     2  -3359  -3855   4091  -1760  -4660  -2944  -2744  -5137  -3226  -4926  -4562  -2110  -3493  -2619  -3804  -3177  -3522  -4662  -4114  -4101     2
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     3  -1065  -2468   1603    -57  -2947  -1668   -722  -2722   -525  -2693  -1839   2792  -1991   -320  -1100    512   1054  -2243  -2892  -2154     3
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     4   -727  -1948   -540    -89  -2262  -1651   2840  -1971     74  -1998  -1146   -366    959   2104   -346   -652   1144  -1602  -2216  -1605     4
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     5   -538  -1629   -562   1017  -1818  -1578   -258  -1476   1251  -1588   1411   -289  -1668    139   -379    848    602    610  -1902  -1314     5
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     6   1314   -906  -1359    855   1195  -1842   -641   -470   -657   -801   -110   -901  -1934   -528   -959   -845   1146    696  -1338   -912     6
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     7  -1971  -3909   2965   1196  -4068  -1863  -1228  -4005  -1500  -3867  -3211   2561  -2406   -900  -2382  -1619  -2042  -3473  -4062  -3022     7
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     8  -2369  -1902  -4793  -4363  -1231  -4499  -3691   3398  -4119   1125    -63  -4176  -4130  -3594  -3972  -3819  -2322    373  -2826  -2644     8
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
     9   -869  -1300  -2621  -2496  -2154  -1852  -2151   1399  -2305  -1899  -1440  -1983  -2448  -2165  -2378   3040  -1167   -933  -2713  -2253     9
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    10   1329  -1161  -1275   -735  -1431  -1731   -706   1139   -512  -1261   -534   -845  -1925   -474   1165   1430   -620   -769  -1729  -1277    10
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    11  -4031  -3046  -4530  -4815   2343  -4401   2189  -2979  -4380  -2358  -2406  -3049  -4266  -3170  -3789  -3636  -3891  -3109   4356   3468    11
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    12  -3904  -3244  -4483  -4744   4436  -3934  -1848  -2962  -4575  -2394  -2507  -3766  -4186  -3845  -4126  -4011  -3988  -3213  -1146    -58    12
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    13   -613  -2085   1242   1129  -2395  -1530   -232  -2146    159  -2097   1115    841    858   1854   -356   -487   -557  -1702  -2271  -1582    13
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    14   -701  -2129   1299   2032  -2423  -1580   -304  -2160     86  -2129   1903   -219  -1721    137   1105   -577   -646  -1739  -2319  -1642    14
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    15   2466  -1028  -2804  -2415  -1627  -1982  -1861   1566  -2171  -1267   -744  -1960  -2421  -1952  -2231  -1217   1287   -190  -2196  -1843    15
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    16    735  -1007  -1545   -997  -1140  -1930   -808   2134   1030   -935   -275  -1060  -2060   -681   -991   -971   1197   -293  -1536  -1118    16
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    17    976  -2990   2423   1857  -3293    460   -850  -3108   -773  -3037  -2220   -369  -2125   -465  -1424  -1153  -1385  -2629  -3228  -2403    17
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    18  -3966  -3031  -4498  -4772   4179  -4363   -705  -2844  -4348  -2217  -2283  -3069  -4249  -3180  -3779  -3629  -3846  -3016     41   2228    18
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    19  -2399  -1929  -4821  -4381  -1188  -4524  -3684   3341  -4137   1299    -16  -4200  -4133  -3576  -3972  -3840  -2347    317  -2793  -2638    19
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    20  -1716  -3017   3517   -361  -3889  -1860  -1457  -3862  -1732  -3830  -3148   -699  -2444  -1159  -2504   1207  -1902  -3217  -3941  -3075    20
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    21    272   1602   -560     -9  -1850    457   -257  -1515   1266  -1616   -782   -286  -1666   1451   -372    322   -479  -1207   2061  -1330    21
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    22    781   2726  -2853  -2284   -742  -2181  -1286    969  -1958   -554     52  -1864  -2328  -1646  -1877    733   -714   1920  -1272   -921    22
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    23   -820  -2085   1236   -136  -2390  -1744   -340  -2067   1873    947  -1197   -405  -1838     91    975   -724   -742  -1704  -2234  -1655    23
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    24    691  -2471   1487    987  -2765  -1629   -484  -2539   -198  -2476  -1589   1136  -1855   2499   -756   -765   -893  -2082  -2652  -1914    24
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -  -1720  -7442   -534   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    25   -575  -1287    -74     22  -1375  -1107   -153  -1361    382  -1331   -825   -161  -1435   3145    180   -573   -610  -1149  -1476   -958    25
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -40  -5762  -6804   -894  -1115   -180  -3089      *      * 
    26    260   1379   -479     76  -2234  -1554   -213  -1950   1621  -1939  -1046   1289  -1650    232   1267    490   -513  -1547  -2139  -1497    26
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    27  -1193  -2205   -753   -669  -3139   2350  -1057  -2890   -539  -2873  -2071   2508  -2238   -689    835  -1165  -1296  -2371  -2984  -2445    27
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    28  -2083  -3069   -616   1596  -4116   3207  -1886  -4090  -2021  -4049  -3402  -1234  -2789  -1620  -2577  -1970  -2275  -3484  -3912  -3428    28
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    29  -1994  -2859  -2322  -1319  -3595  -2641   -719  -3017   2195  -2743  -2025  -1327   1433   -295   2873  -1881  -1760  -2738  -2649  -2446    29
     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
     -    -12  -7442  -8484   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
    30  -2174  -1982  -4186  -4170  -2484  -3406  -3713     42  -3993  -1584  -1517  -3697  -3771  -3891  -3924  -3057  -2329   3646  -3507  -3148    30
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * 
     -      *      *      *      *      *      *      *      *      0 
//

SELEX Multiple sequence alignment file format

#=GF ID   Y_phosphatase
#=GF AC   PF00102
#=GF DE   Protein-tyrosine phosphatase
#=GF AU   Sonnhammer ELL
#=GF AL   Clustalw
#=GF SE   Swissprot_feature_table
#=GF GA   -125 -125
#=GF TC   -123.40 -123.40
#=GF NC   -126.80 -126.80
#=GF BM   hmmbuild -F HMM SEED
#=GF BM   hmmcalibrate --seed 0 HMM
#=GF DR   PROSITE; PDOC00323;
#=GF DR   PRINTS; PR00700;
#=GF DR   SCOP; 1ypt; fa;
#=GF DC   The following Pfam-B families contain sequences that according to Prodom
#=GF DC   are members of this Pfam-A family.
#=GF DR   PFAMB; PB035686;
#=GF DR   PFAMB; PB036047;
#=GF DR   PFAMB; PB036157;
#=GF DR   PFAMB; PB036312;
#=GF DR   PFAMB; PB036563;
#=GF CC   The following Prosite members are absent due to lack of
#=GF CC   homology outside the active site: Swiss:Q05918, Swiss:P34442,
#=GF CC   Swiss:P40479, Swiss:P24656, Swiss:P43078, Swiss:P38590.
#=GF SQ   38
CD45_RAT/628-862        NQNKNRYVDILPYDYNRVELSEINGDA..GSTYINAS......YIDGFKEPRK....YIAAQGPRD....ETVDDFWKMIWE...QKATVIVMVTRCEEGNRNKCAEYWPCMEE.........GTRTFRDVVVTINDHKR...CPDYIIQK..LSIAHK...........KEKATGREVTHIQFTSWPDH..GVPEDPHLLLKLRRRVNAFSN...FFS..........GPIVVHCSAGVGRTGTYIGIDAMLESLEAEG..........KVDVYGYVVNLRRQRC.LMVQVEAQYILIHQALVE
#=GS CD45_RAT/628-862       AC P04157
LAR_DROME/1497-1728     NKSKNRYANVTAYDHSRVQLPAVEGVV..GSDYINAN......YCDGYRKHNA....YVATQGPLQ....ETFVDFWRMCWE...LKTATIVMMTRLEERTRIKCDQYWPTRG...........TETYGQIFVTITETQE...LATYSIRT..FQLCRQGFND............RREIKQLQFTAWPDH..GVPDHPAPFLQFLRRCRALTP...PES..........GPVIVHCSAGVGRTGCYIVIDSMLERMKHEK..........IIDIYGHVTCLRAQRN.YMVQTEDQYIFIHDAILE
#=GS LAR_DROME/1497-1728    AC P16621
PTN1_MOUSE/40-276       NKNRNRYRDVSPFDHSRIKLHQEDN......DYINAS......LIKMEEAQR....SYILTQGPLP....NTCGHFWEMVWE...QKSRGVVMLNRIMEKGSLKCAQYWPQQEEKE.......MVFDDTGLKLTLISEDV...KSYYTVRQ..LELENLTTK............ETREILHFHYTTWPDF..GVPESPASFLNFLFKVRESGSLSLEHG...........PIVVHCSAGIGRSGTFCLADTCLLLMDKRKDPS.......SVDIKKVLLEMRRFRM.GLIQTADQLRFSYLAVIE
#=GS PTN1_MOUSE/40-276      AC P35821
          ----- (continue) -------
//

3. PROSITE Profile format

ID   PARP_ZN_FINGER_2; MATRIX.
AC   PS50064;
DT   NOV-1997 (CREATED); NOV-1997 (DATA UPDATE); JUL-1998 (INFO UPDATE).
DE   Poly(ADP-ribose) polymerase zinc finger domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.1357; R2=.01506700; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=8.5; MODE=1;
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=422; N_SCORE=6.5; MODE=1;
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27,64,-30,-7,0,-24,7,0,-20,-30,-30,-17,-20,-10,-3,16,46,-27;
MA   /M: SY='A'; M=3,-13,-4,-16,-12,-20,3,-16,-22,-3,-13,-10,-8,-21,-10,2,-6,-10,-13,-24,-18,-12;
MA   /M: SY='V'; M=20,-21,-13,-27,-21,-9,-19,-26,16,-17,3,3,-20,-20,-20,-22,-3,-2,25,-24,-13,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-11,14,-30,24,48,-32,-12,-1,-32,7,-22,-21,3,-3,16,-2,0,-11,-30,-30,-20,32;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20;
MA   /M: SY='A'; M=46,-9,-10,-18,-9,-20,0,-19,-11,-10,-12,-11,-8,-10,-9,-19,13,2,-1,-22,-20,-9;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-1,-30,-1,9,-29,-20,-9,-30,48,-29,-10,0,-11,10,34,-10,-10,-20,-20,-10,9;
MA   /M: SY='S'; M=5,-1,-13,-2,-1,-19,-5,-10,-20,-5,-27,-18,8,-11,0,0,32,19,-10,-36,-18,-1;
MA   /M: SY='G'; M=-1,5,-24,0,-9,-26,38,-10,-31,-12,-30,-20,17,-18,-10,-13,10,-8,-26,-29,-25,-10;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-9,-27,-10,-1,-19,-20,-3,-27,25,-19,-10,0,-19,7,60,-6,-2,-17,-21,-10,-1;
MA   /M: SY='A'; M=37,-7,-10,-13,-7,-20,0,-17,-13,-10,-17,-13,-3,-10,-7,-17,20,7,-3,-27,-20,-7;
MA   /M: SY='S'; M=7,-3,-13,-7,-7,-17,1,-15,-17,-11,-20,-13,3,-12,-6,-12,24,23,-8,-32,-17,-7;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-2,-30,-2,8,-28,-20,-8,-30,47,-28,-10,0,-12,10,36,-10,-10,-20,-20,-10,8;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-5,-29,-5,-7,-29,30,-15,-35,8,-30,-16,1,-15,-7,0,-1,-14,-25,-21,-22,-7;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-2,-27,0,14,-24,-7,-8,-23,16,-19,-6,-2,-11,6,6,-3,-8,-19,-24,-15,10;
MA   /M: SY='E'; M=-9,12,-27,17,34,-31,-15,2,-26,6,-23,-16,8,-6,25,1,5,-6,-28,-30,-17,29;
MA   /M: SY='K'; M=-5,3,-23,1,5,-25,-15,-9,-25,28,-28,-13,7,-11,5,16,4,3,-17,-26,-13,5;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='E'; M=0,-1,-23,2,12,-21,-15,-11,-14,-6,-14,-13,-3,2,-2,-11,2,-3,-11,-31,-19,4;
MA   /M: SY='K'; M=-4,-1,-28,-2,8,-29,-18,-11,-28,44,-28,-10,-1,-10,8,25,-8,-9,-18,-20,-11,8;
MA   /M: SY='D'; M=-10,18,-30,28,4,-34,27,-9,-39,-9,-29,-24,9,-14,-8,-14,0,-15,-30,-30,-25,-2;
MA   /M: SY='Q'; M=-2,-9,-19,-11,-3,-18,-19,-10,-3,-8,-8,-2,-5,-15,11,-8,7,6,-2,-28,-11,4;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-28,-3,-32,-25,2,-32,-25,22,-27,26,15,-26,-29,-22,-23,-21,-8,19,-26,-6,-25;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10,-2,-21,-13,-2,-31,26,-21,-11,0,-20,8,63,-9,-11,-21,-20,-12,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,4,-34,-22,35,-27,31,26,-24,-24,-17,-24,-24,-10,20,-20,0,-24;
MA   /M: SY='A'; M=23,-7,-16,-12,-7,-21,6,-14,-19,-5,-19,-14,-2,-13,-6,-4,13,1,-9,-25,-20,-7;
MA   /M: SY='K'; M=-4,-12,-25,-15,-6,-14,-24,-18,-4,15,-10,-1,-10,-16,-5,5,-11,-8,0,-20,-7,-6;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-13,-20,-19,-12,-9,-21,-9,4,4,2,25,-13,-17,-3,-1,-10,1,6,-23,-5,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-27,-11,-28,-27,-1,-27,-25,26,-18,9,15,-26,-28,-24,-18,-8,0,41,-29,-9,-26;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-13,-26,-12,0,-14,-24,-6,-5,-5,-10,-1,-13,-5,14,-6,-7,-7,-6,-18,-3,6;
MA   /M: SY='D'; M=-5,18,-19,22,5,-23,-6,3,-25,-6,-28,-21,17,-13,0,-8,18,5,-19,-35,-12,2;
MA   /M: SY='P'; M=4,-15,-28,-13,-5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15,47,-11,-18,-1,2,-15,-28,-24,-11;
MA   /M: SY='F'; M=-14,-9,-24,-10,7,14,-23,-7,-7,-9,0,7,-11,-16,-6,-10,-12,-10,-10,-15,2,2;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-13,-22,-16,-11,8,-22,7,-11,-3,-11,-3,-7,-21,-11,0,-6,-7,-5,-18,5,-11;
MA   /I: I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-7,-17,-5,4,-11,-11,-5,-6,-3,-7,2,-8,19,0,-7,-6,-5,-10,-14,-10,1; D=-5;
MA   /I: DM=-27;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,0,-13,0,7,-17,-8,0,-12,9,-13,-4,1,-5,17,6,3,-2,-12,-13,-7,12; D=-5;
MA   /I: DM=-27;
MA   /M: SY='D'; M=-15,12,-27,21,-1,-15,-8,-4,-19,-12,-5,-12,-1,-19,-9,-14,-11,-11,-17,-22,-1,-6;
MA   /M: SY='G'; M=5,-10,-28,-11,-19,-29,62,-20,-37,-19,-28,-19,-1,-19,-19,-20,1,-18,-27,-20,-29,-19;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-27,0,-1,-24,-5,-8,-20,18,-17,3,-2,-14,2,7,-10,-12,-15,-23,-12,0;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16,21,-14,6,16,-19,-21,-1,-14,-11,-6,20,-24,-6,-10;
MA   /M: SY='P'; M=-13,0,-36,11,6,-33,-17,-14,-26,0,-30,-21,-7,52,-5,-11,-7,-10,-29,-31,-25,-2;
MA   /M: SY='H'; M=-14,4,-16,0,2,-17,-17,24,-20,-4,-12,-7,12,-20,2,5,-7,-10,-21,-31,-6,0;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16,26,-27,34,-8,-14,-4,0,-12,-27,-11,-9,-17,-13,-14,9,53,-16;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-19,-29,-18,-7,-1,-27,-14,0,-9,-2,-2,-18,6,-12,-13,-15,-9,-5,-15,2,-11;
MA   /M: SY='E'; M=-4,6,-22,8,13,-26,-10,-7,-25,7,-25,-16,5,-9,8,1,12,7,-18,-30,-16,11;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29,70,-29,-17,3,-27,11,8,-20,-29,-35,-19,-20,-10,1,6,26,-27;
MA   /M: SY='W'; M=-4,-30,-24,-34,-27,26,-23,-25,1,-22,-1,-4,-26,-27,-28,-20,-18,-11,5,33,12,-24;
MA   /M: SY='K'; M=-8,1,-28,3,18,-32,-18,-2,-26,26,-26,-9,1,-9,26,16,0,-7,-23,-23,-12,22;
MA   /I: MD=-27;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-4,-13,-4,-1,-8,-10,-6,-7,8,-3,-2,-2,-9,0,7,-5,-3,-6,-13,-5,-1; D=-5;
MA   /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-6,-26,-9,-3,-18,-19,-4,-20,22,-18,-8,2,-20,3,46,-8,-8,-11,-24,-11,-3;
MA   /M: SY='A'; M=11,-1,-22,-2,7,-29,7,-9,-24,-4,-20,-13,-1,-11,8,-9,6,-7,-19,-24,-20,8;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-2,-30,2,23,-20,-20,6,-28,16,-19,-13,0,-12,13,31,-6,-11,-24,-23,-10,16;
MA   /M: SY='L'; M=1,-21,-21,-21,-13,-7,-20,-20,5,-20,10,2,-19,0,-15,-19,-9,-4,2,-26,-12,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-9,-22,-11,-15,-16,10,-20,-11,-18,-10,-8,-4,-17,-15,-18,3,3,-6,-26,-16,-16;
MA   /M: SY='W'; M=-8,-17,-22,-20,-15,12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14,-7,2,3,-11,14,5,-13;
MA   /M: SY='H'; M=-7,-13,-23,-15,-7,-7,-22,8,-9,-1,-2,1,-9,-21,-2,6,-12,-10,-6,-20,0,-6;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-8,-31,-4,-4,-29,8,-17,-27,-5,-28,-18,-7,26,-10,-13,-3,-9,-25,-26,-25,-9;
MA   /I: MD=-23;
MA   /M: SY='E'; M=-2,4,-15,6,7,-15,-11,-8,-8,-5,-10,-9,1,-7,-1,-8,5,2,-6,-21,-10,2; D=-4;
MA   /I: MD=-23;
MA   /M: SY='Y'; M=-6,-10,-17,-10,-5,2,-3,-5,-6,-8,-5,-4,-9,-15,-9,-9,-6,-7,-3,-5,8,-8; D=-4;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
MA   /M: SY='T'; M=0,2,-8,1,7,-10,-8,-6,-10,-2,-10,-8,1,-4,1,-4,10,13,-6,-17,-8,4; D=-4;
MA   /I: DM=-23;
MA   /M: SY='D'; M=-15,26,-29,35,27,-35,-14,9,-31,4,-25,-19,13,-9,18,-2,0,-10,-30,-33,-15,22;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-22,-33,-25,4,-32,-23,31,-27,32,22,-26,-26,-20,-22,-23,-9,22,-21,-1,-24;
MA   /M: SY='E'; M=-12,2,-30,8,19,-24,-20,-3,-21,6,-17,-9,-5,5,10,-2,-7,-10,-23,-23,-9,13;
MA   /M: SY='G'; M=-2,0,-28,-4,-16,-28,56,-14,-36,-16,-30,-20,12,-20,-16,-16,2,-16,-30,-24,-28,-16;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-30,-26,-38,-29,59,-30,-19,3,-27,6,0,-23,-29,-33,-20,-23,-13,-1,26,31,-28;
MA   /M: SY='S'; M=-1,0,-21,2,13,-25,-4,-8,-23,-4,-23,-16,2,-5,10,-6,16,7,-19,-31,-19,11;
MA   /M: SY='E'; M=-7,5,-23,3,16,-17,-18,-7,-9,-4,-10,-10,7,-12,1,-8,2,0,-12,-31,-15,8;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,23,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-5,-24,-5,7,-22,-16,-6,-25,18,-20,-12,0,-13,7,32,1,-2,-17,-24,-13,4;
MA   /M: SY='W'; M=-2,-8,-27,-9,-12,5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17,-9,-9,-15,25,4,-12;
MA   /M: SY='E'; M=-7,23,-27,31,33,-31,-12,-1,-30,4,-23,-22,12,-7,8,-5,2,-8,-27,-33,-20,21;
MA   /M: SY='D'; M=-19,45,-30,64,25,-39,-11,0,-39,1,-29,-29,17,-9,3,-9,0,-10,-30,-39,-20,14;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,16,-36,-20,2,-24,25,-24,-4,0,-10,41,18,-4,-10,-26,-20,-10,28;
MA   /M: SY='E'; M=-1,7,-27,12,36,-30,-16,-3,-26,11,-20,-15,0,-5,19,1,0,-8,-24,-27,-18,27;
MA   /M: SY='K'; M=-4,1,-23,1,9,-24,-16,-6,-20,12,-18,-6,0,-11,10,9,1,2,-15,-25,-12,9;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-30,-21,-34,-26,4,-34,-26,34,-28,28,18,-26,-26,-22,-24,-21,-8,28,-22,-2,-26;
MA   /M: SY='K'; M=-8,0,-25,-2,5,-25,-20,-12,-25,36,-25,-10,0,-10,5,21,-3,4,-15,-22,-10,5;
MA   /M: SY='K'; M=-11,9,-29,9,12,-32,-17,-5,-29,35,-29,-12,7,-11,14,21,-6,-9,-23,-24,-12,13;
MA   /M: SY='A'; M=8,-8,-20,-12,-3,-19,-15,5,-11,-4,-6,1,-6,-14,8,-6,-1,-2,-10,-22,-7,2;
MA   /M: SY='I'; M=1,-27,-21,-32,-23,0,-29,-25,27,-26,25,14,-23,-23,-20,-24,-18,-7,21,-21,-4,-23;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-6,-32,1,23,-29,-17,-12,-23,-2,-23,-19,-10,39,2,-12,-3,-9,-26,-29,-24,11;
MA   /M: SY='A'; M=12,4,-18,0,-6,-21,-6,-14,-14,-9,-16,-14,2,-4,-9,-14,7,6,-8,-29,-19,-8;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-23,-25,-27,-25,-8,-4,-25,14,-25,7,6,-16,-22,-21,-24,-12,-9,10,-22,-10,-25;
MA   /M: SY='K'; M=-2,-3,-26,-3,1,-29,6,-11,-29,17,-28,-13,1,-12,6,7,2,-8,-21,-23,-17,4;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=38,80000;
NR   /TOTAL=18(10); /POSITIVE=18(10); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=1;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=2;
DR   P49916, DNL3_HUMAN, T; P97386, DNL3_MOUSE, T; P18493, PPOL_BOVIN, T;
DR   P26446, PPOL_CHICK, T; P35875, PPOL_DROME, T; P09874, PPOL_HUMAN, T;
DR   P11103, PPOL_MOUSE, T; P27008, PPOL_RAT  , T; Q11208, PPOL_SARPE, T;
DR   P31669, PPOL_XENLA, T;
DR   Q08824, PPOL_ONCMA, P;
3D   2PAW; 1PAX; 2PAX; 3PAX; 4PAX; 1A26;
DO   PDOC00360;
//